پس از رحلت آیت‌الله میرزا حسن شیرازی، آخوند ملامحمدكاظم خراسانی به عنوان جانشین وی مشخص گردید و علما و فضلا از همه نقاط جهان تشیع به سوی نجف روی آوردند و در مجلس درس وی شركت جستند.
او در ۱۳۱۵ ق به دعوت تنی چند از علمای ایران، همراه با گروهی دیگر از مراجع تقلید فتواهایی در تحریم كالاهای خارجی و حمایت از كالاهای داخلی و به منظور رفع نیاز كشور به بیگانگان صادر نمود و در تأیید «شركت اسلامیه» كه با حمایت از صنایع داخلی و بی نیازی از بیگانگان در اصفهان تأسیس شده بود، علاوه بر خرید منسوجات آن، بر كتاب لباس التقوی، تألیف سید جمال الدین اصفهانی واعظ هم تقریظی نوشت: «بر مسلمان لازم است كه لباس ذلت (تولید خارج) را از تن بیرون كنند و لباس عزت (ساخت داخل) را بپوشند.» هچنین در نامه ای به مظفرالدین شاه، او را به حمایت از این شركت تحریض نمود.
از اقدامات سیاسی دیگر او در مسائل مربوط به ایران قبل از مشروطیت می توان به ابراز مخالفتش با اخذ وام توسط مظفرالدین شاه از روسیه تزاری و تلاش هایش در روشن ساختن اذهان مردم نسبت به پیامدهای این گونه اقدامات با درخواست اخراج رئیس گمرك ایران (نوژ بلژیكی) برای خلافكاری هایش و ارسا لنامه به سید عبدالله بهبهانی برای آگاه ساختن اولیای دولت از عملكردهای نامطلوب كارگزاران اشاره كرد (ربیع الاول ۱۳۲۳ ق).
شهرت آخوند به عنوان رهبر سیاسی، از ابراز شجاعت و نفس جسارت در مخالفت با رژیم استبدادی و مساعی بی شمارش در جنبش مشروطیت ایران آغاز شد. وی به همراه دو تن از مجتهدان بزرگ معاصر خویش، حاج میرزا حسین خلیلی تهرانی و حاج شیخ عبدالله مازندران، با ارسال نامه ها و تلگرام هایی برای رهبران دینی و سیاسی ایران و نشر اعلامیه های روشنگرانه، نسبت به رویدادهای سیاسی و اجتماعی موضع گیری می نمودند.
آخوند و یاران همراهش به نظام مشروطه به عنوان وسیله‌ای برای تحدید ظلم می‌نگریستند و شركت در جنبش مشروطیت را بر همه مسلمانان واجب می‌شمردند. ایشان همچنین تقریظی بر كتاب تنبیه الامه و تنزیه المله میرزای نائینی نوشت و ضمن آن «مأخوذ بودن اصول مشروطیت را از شریعت محقه» اعلام كرد.
با وجود صدور فرمان مشروطیت و انتخابات مجلس شورای ملی، پادشاه جدید محمدعلی شاه، حاضر به قبول مجلس و مصوبات آن نبود. از این رو برخی از علما و مشروطه خواهان، از مراجع مشروطه خواه نجف و در رأس آنها، آخوند خراسانی استمداد كردند. آخوند خراسانی نیز در پاسخ‌های استفتاهای مكرر آنها، تلاش آزادیخواه ایرانی را برای تثبیت مجلس شورا و حفاظت از آن مورد تأیید قرار داد. در یكی از پاسخ های ایشان آمده است: «… اقدام كردن به ایستادگی در برابر مجلس قانونگذاری مذكور به منزله اقدام به ایستادگی در برابر احكام دین حنیف اسلام است. پس بر مسلمانان واجب است كه در برابر هر نوع حركتی علیه آن مجلس ایستادگی كنند.»
پشتیبانی آخوند از مجلس و حكومت قانون در ایران به منظور برقراری عدل و رفع ظلم از توده های مظلوم و محروم بود و نه منافع دسته ای خاص و معین.
آخوند پس از افتتاح مجلس شورا طی نامه ای، گشایش مجلس را تبریك گفت. وی به همراه آیات عظام حاج میرزا حسین خلیلی و حاج شیخ عبدالله مازندرانی پیوسته با صدور احكام و فرامینی دستورات لازم را به نمایندگان مجلس برای تهیه و تصویب قوانین مهمی كه لزوم آن احساس می‌شد، صادر می نمودند. از جمله قانون مربوط به نظام وظیفه و تشكیل یك ارتش مجهز، قانون تأسیس مدارس نوین و تعلیم بر اساس علوم جدید، و قانون تأسیس بانك ملی. وی همچنین در ۲۸ ذیحجه ۱۳۲۵ ق طی نامه ای، نمایندگان مجلس شورا را به اجرای قوانین اسلامی، پرداخت بدهی های كشور و فقرزدایی سفارش نمود.
مراجع مشروطه‌خواه نجف اشرف به رهبری آخوند خراسانی كه نگران كارشكنی ها و مخالفت های محمدعلی شاه بودند، انحلال مجلس را ضربه‌ای به ملت ایران می‌دانستند و بر ضرورت حفظ شكل قانونی دولت و ایستادگی در برابر هر حركتی برای تعطیلی مجلس شورا تأكید داشتند و از اینرو در نامه‌ها و تلگرام‌های خود با تأكید بر التزام به قوانین مجلس، ضرورت پشتیبانی از آن را اعلام می‌كردند.
پس از روشن شدن قصد محمدعلی شاه برای انحلال مجلس، آخوند خراسانی اندرزنامه دهگانه‌ای برای شاه فرستاد و او را به قانون‌گرایی اسلامی، بیگانه‌گریزی و استعمارستیزی، بسط رفاه عمومی و عدالت اجتماعی و تاریخ‌نگری دعوت كرد. اما محمدعلی شاه با حمایت روسیه در ۲۳ جمادی الاول ۱۳۲۶ ق به اقدامی گستاخانه دست زد و مجلس را به توپ بست و نظام نوپای مشروطه را در كشور برچید.
آخوند خراسانی در نامة شدیداللحنی به اقدام او در براندازی مشروطه حمله كرد و برخی اقدامات سری وی را فاش ساخت. از نظر مراجع مشروطه خواه نجف، اقدام محمدعلی شاه در نابودی مشروطیت تنها بازگشت به استبداد نبود، بلكه برنامه ای استعماری با هدف تحكیم اراده بیگانه بر كشورهای اسلامی به شمار می رفت. لذا آخوند فتوایی صادر و اعلام كرد كه محمدعلی شاه هیچ گونه حقی برای دریافت مالیات و یا امضای هیچ قراردادی با دولت های خارجی ندارد. در ادامة این اقدامات، وی شیخ اسدالله ممقانی را به استانبول فرستاد تا با آزادیخواهان ایرانی ساكن آنجا مذاكره كرده و آنها را به مبارزه با استبداد تشویق نماید.
با آغاز قیام مردم آذربایجان به رهبری ستارخان برای بازگرداندن نظام مشروطه، آخوند كه نفوذ زیادی در میان مسلمانان باكو داشت، به همراه حاج شیخ عبدالله مازندرانی در ۲۰ ذیقعده ۱۳۲۶ ق نامه‌ای برای مسلمانان روسیه فرستاد و از آنان درخواست كمك به انقلابیون تبریز نمود. همچنین با ارسال نامه‌ها، پیام‌ها و فرامین روشنگرانه متعدد، قیام ضد استبدادی مردم تبریز را تأیید نمود و بر تداوم آن تا پیروزی نهایی تأكید كرد.
اندیشه‌های مترقیانه و موضع‌گیری‌های شجاعانه آخوند خراسانی، او را به سرعت در سراسر جهان اسلام معروف ساخت. از این رو آزادیخواهان عثمانی كه از نفوذ كلام او در میان دربار و دولت عثمانی آگاهی داشتند، با ارسال نامه‌هایی به وی، از او خواستند تا سلطان عبدالحمید، پادشاه عثمانی را وادار به امضا و اجرای قانون اساسی عثمانی نماید و او نیز چنین كرد.
در محرم ۱۳۲۷ ق محمدعلی شاه ارتش روسیه را برای سركوب قیام رو به گسترش مردم تبریز به ایران فراخواند. پس از ورود آنها به ایران و افزایش احتمال حركت های جهادی، شاه به رایزنی با دول روسیه و انگلستان پرداخت.
دولت های روسیه و انگلستان كه بر اساس قرارداد ۱۹۰۷ بر سر مسائل داخلی ایران به تفاهم رسیده بودند، برای جلوگیری از گسترش قیام مردمی آذربایجان به رهبری مراجع مشروطه خواه نجف، از یك سو محمدعلی شاه را به قبول نوعی مشروطیت صوری وادار كردند و از سوی دیگر همه تلاش خود را برای دور ساختن مراجع مذكور از میدان فعالیت سیاسی به كار بردند. از اینرو هر دو دولت طی یادداشت مشتركی، از آخوند و سایر رهبران روحانی مشروطه خواه مقیم عراق خواستند كه فعالیت سیاسی خویش را متوقف كرده و رهبران گروه های مشروطه خواه داخل كشور را به میانه روی فراخوانند.
شاه ناگزیر اعلام نمود كه نظام مشروطه را دوباره برقرار خواهد كرد و تلگراف‌هایی خطاب به مراجع عراق فرستاد و قرآنی را كه امضا كرده و به آن سوگند خورده بود كه به مشروطیت وفادار بماند، نزد ایشان ارسال داشت. پاسخ آخوند و دیگر علمای نجف به این تلگراف بسیار هوشمندانه و متین و در عین حال محكم بود. به دنبال آن تلگراف هایی از نقاط مختلف ایران به علمای نجف رسید كه همگی خبر از وحشت، ترس، ناامنی، حبس، تبعید و تعطیل داشت. از این رو آخوند تلگرافی به شاه مخابره كرد و در آن با تندی او را مورد عتاب قرار داد و در آن تلگراف های دیگری به علما و عشایر و ایلات ایران، آنان را به جد و جهد در استحكام اساس مشروطیت فراخواند.
هنگامی كه آخوند دریافت محمدعلی شاه قصد دارد با گرو گذاردن جواهرات سلطنتی، از دولت روسیه وامی دریافت كند، طی تلگرافی برای «انجمن سعادت ایرانیان» كه توسط گروهی از ایرانیان آزادیخواه در استانبول تشكیل شده بود، از آنان خواست «به توسط سفرا و جراید رسمیه دول معظمه» رسماً اعلام دارند كه به موجب اصل ۲۴ و ۲۵ «قانون اساسی»، دولت ایران حق هیچ گونه معاهده و استقراض، بدون امضای پارلمان را ندارد و نیز جواهرات موجود در خزانه تهران متعلق به مردم ایران است و هرگاه وامی به محمدعلی شاه داده شود؛ ملت آن را معتبر نخواهد شمرد و در برابر آن مسئولیتی نخواهد داشت.
به دنبال آن آخوند تلگرام‌هایی به برخی از دول خارجی مخابره كرد و از تجاوزاتی كه شاه مستبد قاجار بر مردم خود روا داشته بود، پرده برداشت و پس از ان با همراهی حاج شیخ عبدالله مازندرانی و میرزا حسین خلیلی بیانیه ای را علیه حكومت محمدعلی شاه صادر كردند: «به تمام ملت اران حكم خداوند را اعلام می كنیم… سعی در دفع این سفاك جبار و دفاع از نفوس و آبروی مسلمانان، امروز از اهم واجبات است…» این تلگراف باعث تهییج آزادیخواهان تبریز و سایر مشروطه خواهان گردید. از سوی دیگر، به دلیل حضور قشون روس در ایران و پشت گرمی شاه به آنان جهت سركوب آزادیخواهان، علمای مشروطه خواه نجف اشرف به رهبری آخوند خراسانی فتوای جهاد بر ضد روسیه را صادر و اعلام داشتند كه همراه گروهی از نیروهای مردمی مجاهد به سوی ایران حركت خواهند كرد. وی همچنین عشایر عراق را به این جهاد فراخواند كه آنان نیز پاسخ مثبت دادند. اما پیش از رسیدن علما و مجاهدان به كاظمین، اخبار عقب نشینی نیروهای روس از خاك ایران و سقوط محمدعلی شاه (جمادی الثانی ۱۳۲۷ ق) و انتخاب احمد شاه، به عراق رسید.
در این زمان آخوند ضمن پیامی به مردم ایران، اعلام داشت كه حكم عدم پرداخت مالیات برداشته شده و آنان باید مقررات را رعایت كنند. همچنین به ناصرالملك نایب السلطنه، وزارتخانه های جنگ، داخلیه و ریاست مجلس تلگراف هایی ارسال و از مجاهدت های سرداران و مجاهدان عموم طبقات مردم ایران تشكر كرد و به مسئولان كشور سفارش هایی از قبیل: تشكیل و تجهیز قوای نظامی، پرهیز از ایجاد ادارات زاید و زیان آور، هزینه شایسته بیت المال، عفو عمومی، آزادی زندانیان سیاسی، برچیدن خانه های فساد، كوتاه كردن دست اجانب از مداخله در امور ایران و … را نمود.
وی در تأكید بر شرعی بودن قوانین مصوبه در مجلس طی نامه‌ای مهم به نایب السلطنه نوشت: «قوانین مملكتی را به كلی با حضور هیئت مجتهدین عظام نظار كه سابقاً به مجلس محترم معرفی شدند، مطابق قانون اساسی عاجلاً مترصد و از منكرات اسلامیه و منافات مذهب به كمال شدت و سختی جلوگیری (فرمایید)» اما پس از تشكیل مجلس دوم، گروهی از نمایندگان لیبرال و اعضای وابسته به كابینه كه با حمایت‌های دولت‌های روسیه و انگلستان بر سر كار آمده بودند، دیگر اهمیتی به نصایح و دستورات آخوند خراسانی و دیگر علمای مشروطه خواه نمی‌دادند. این امر موجب نگرانی آخوند شد، لذا او از عملكرد سران سیاسی مشروطیت به شدت انتقاد نمود و نامه ای كه به امضای حاج شیخ عبدالله مازندرانی نیز رسید و در ۲۹ جمادی الثانی ۱۳۲۸ ق برای ناصرالملك ارسال گردید، موارد و اصولی را متذكر شد كه حاوی انتقاد جدی از روند آزادی بی حد و مرز، و حاكمیت عناصر وابسته در رأس نظام مشروطیت ایران بود. در بخشی از نامه او آمده است:
«… البته بدیهی است، تمام زحمات و مجاهدات علما و امرا و سرداران عظام ملی و مجاهدین دین پرست وطن خواه و طبقات ملت ایران در استقرار اساس قویم مشروطیت و این همه بذل نفوذ و اموال در تحصیل این سرمایة سعادت، برای حفظ دین و احیای وطناسلامی و آبادانی مملكت و ترقی ملت و اجرای احكام و قوانین مذهب و سد ابواب حیف و میل در مالیه و صرف آن در قوای نظامیه و سایر مصالح مملكتی و قطع مواد تعدی و تحمیل چند نفر نفس پرست خودخواهِ خودرأی بود، نه از برای اینكه به جای اشخاص آن ادارة استبدادیه…، ادارة استبدادیه دیگری از مواد فاسده مملكت به اسم مشروطیت یا طرفداری از مواد فاسده مملكت به اسم مشروطیت یا طرفداری كاركنان و نحو ذلك، همدست شوند و همدیگر را در جمیع ادارات داخل و به جای تشكیل قوای حربیة نظامی كه اهم تكالیف فوریه و مایه نجات مملكت از مهالك و قطع تشبثات اجانب است، به تكثیر ادارات مضره و توسیع دوائر مفسده و صرف مالیه مملكت در این مصارف بپردازید. معاش های خطیره از مال ملت مظلومه دربارة همدیگر برقرار، در عوض اجرای تمدن اسلامی كه به اتفاق تمام عقلای عالم، وسیله منحصرة حفظ این مملكت و جامعه وحیدة این ملت است،علناً به ضدیت مذهب و اعدام جامعه ملیت همت گمارند و در هتك نوامیس دینیه و اشاعة منكرات اسلامیه از بذل مجهود فروگذاری نكنند…»
پس از ترور سید عبدالله بهبهانی و شهادت او كه به مباشرت یكی از نمایندگان تندرو و لائیك (سید حسین تقی زاده) صورت گرفت، آن دو طی نامه‌ای، ضمن اعلام «فساد مسلك سیاسی» او، مجلس ایران خواستند كه وی را از نمایندگی عزل كنند.
به دنبال وصول نامه‌هایی از ایران مبنی بر انجام اعمال ناشایست و خلاف اسلام برخی افراد فاسد به نام مشروطه، آخوند و مازندرانی در پیامی به مردم ایران نوشتند كه مشروطیت و آزادی ایران عبارت است از: عدم تجاوز دولت و ملت از قوانین منطبق بر اسلام و اجرای عدالت و حفظ منافع مسلمانان. در فصل دوم قانون اساسی هم آمده است كه قوانین مصوب مجلس نباید با احكام شرع مخالف باشد. مردم در انتخاب نمایندگان دقت كنند كه افرادی را به مجلس بفرستند كه به دین و مملكت خیانت نكنند.
اما اختلاف نظر میان گروهی از نمایندگان لائیك و لیبرال و دولتمردان وابسته كه به دنبال استقرار نظام مشروطه غیر مذهبی به سبك اروپایی بودند با علما و مشروطه خواهان مذهبی روز به روز وسیع تر و آشكارتر می شد.
هنگامی كه جریده ایران نو در شماره ۱۲۱ خود طی مقاله‌ای به حكم قصاص، جسارت و آن را «خلاف سیاست و حكمت» شمرد آخوند خراسانی به شدت واكنش نشان داد و با نگرانی و هشدار، طی تلگرافی به رئیس الوزرا اعلام داشت كه: «… بعد از اعلام فصل ۲۶۴ قانون وزارت داخله در منع مسكرات اسلامیه و مجازات مرتكب، چه شده كه هنوز منجرا نشده منسوخ و منكرات،اشد از اول شیوع یافت، مگر خدای نخواسته اولیاء امور را در تحت ارادات چند نفر لامذهب و مزدوران اجانب، چنین مقهور و یا از حفظ دین گذشته، از مملكت اسلامی هم چشم پوشیده اند كه در چنین مواد مهمه، تسامح و مفاسد مترتبه را وقعی نمی گذارند…»
همچنین در پاسخ به طرح موضوع حذف مجتهدان از صحنه قضاوت بر اساس قانون اساسی در ۱۹ ربیع الاول ۱۳۲۹ طی نامه ای به مجلس نوشت: «مرافعات شرعیه باید رجوع به مجتهدان حق رجوع استیناف برای كسی نیست.»
نیروهای روس كه به بهانة حفظ منافع تجاری و مال و جان اتباع خود در بحبوحه قیام ملت ایران وارد كشور شده بودند و پس از گذشت ده ماه از افتتاح مجلس دوم، به هیچ روی حاضر به ترك كشور نبودند، آخوند را به ارسال تلگرافی به مجلس واداشت و از به تأخیر افتادن خروج آنان از كشور گلایه نمود و طی فتوایی، استفاده از اجناس روسی در داخل كشور را تحریم كرد. این فتوا عكس العمل روسیه را برانگیخت و این كشور توسط قنسول خود در عراق، مراتب نگرانی دولت روس را از اقدامات آخوند به اطلاع وی رساند. آخوند هم در جواب با قاطعیت و در عین نزاكت و استدلال پاسخ ادعاهای پوچ آنها را داد.
پس از آن، دولت روس به بهانه استخدام شوستر آمریكایی به عنوان مستشار مالی ایران، اولتیماتوم چهل و هشت ساعته ای برای اخراج او از ایران داد و اعلام كرد كه بعد از این، دولت ایران در صورت نیاز به مستشار خارجی ابتدا باید از اتباع روس و انگلیس استخدام كند و اتباع كشورهای دیگر هم در صورت تأیید وزرای مختار این دو كشور در ایران استخدام شوند. همچنین ایران باید برای حضور چندین ماهة قوای روس در ایران به این كشور خسارت بپردازد.
به دنبال این اولتیماتوم، قوای روس در اوائل ذیحجه ۱۳۲۹ ق وارد كشور گردید و تا قزوین پیشروی كرد و یادداشت دولت روس را تأیید نمود. در همین حال دولت ایران فرصت داد تا امنیت راه ها را برقرار سازد، در غیر این صورت «پلیس جنوب» را تشكیل خواهد داد.
آخوند خراسانی و مازندرانی در ۸ ذیقعده ۱۳۲۹ ق تلگرافی به دولت انگلیس مخابره نمودند و در آن بطلان داعیه آزادیخواهی و دفاع از حقوق بشر انگلیس را با اشغال جنوب ایران در همدستی با روس متجاوز، اعلام داشتند. ضمناً رشادت ها و شجاعت ها و آزادگی و عدم تمكین مردم ایران را از جانب و دفاع روحانیت اسلام از حوزه مسلمین را یادآور شدند و به دولت انگلیس اعلام كردند كه از متابعت اعمال حق شكنانه دولت روس دست برداشته و موقعیت ایران پس از مشروطیت را درك كند و این كشور را در دفاع از حقوق خویش آزاد بگذارد.
آخوند به نشانه اعتراض و مخالفت با اقدامات روس و انگلیس در ایران، درس خود را تعطیل كرد و به منظور چاره جویی پیرامون حوادث پیش آمده، جلسات متعددی تشكیل داد و تصمیمات زیر گرفته شد:
۱) مراجع و علمای نجف و طلاب و عشایر عرب برای جهاد به سوی ایران حركت كنند ۲) به وسیله تلگراف به رؤسای عشایر و ایلات امر كنند كه در مقام حفظ استقلال ایران برآمده و خود را برای نبرد و دفاع از خاك میهن آماده سازند ۳) به عموم مسلمانان جهان از هند و قفقاز و غیره دستور دهند كه در تمام ممالك در یك روز هم با هم دست از كسب و كار كشیده و به عنوان همدردی در یك جا اجتماع كنند و رفع تعدیات روس و انگلیس به ایران را بخواهند ۴) به عموم دول كه در بغداد نمایندگی دارند تلگراف شود و حقانیت و مظلومیت دولت و ملت ایران و ستمگری و خونخواری روس ها را به جهانیان نشان دهند.
آنگاه آخوند فتوای مشهور جهاد خود را علیه روس خطاب به مؤتمن الملك (رئیس مجلس شورای ملی وقت ) ارسال و اعلام نمود كه خود همراه با مجاهدان عازم ایران خواهد شد تا در این جهاد مقدس شركت كند. همچنین در نامه ای به علمای تبریز آنان را به ضرورت آموزش سلاح امر نمود و حكمی مبنی بر تحریم قطعی خرید و فروش كالاهای روسی صادر كرد.
هنگامی كه دولت روس از تصمیم آخوند مطلع شد توسط قنسول خود نماینده ای نزد ایشان فرستاد تا او را از این تصمیم بازدارد، اما آخوند در پاسخ گفت: به قنسول بگو اگر مطلبی دارد بنویسد تا كتباً جواب داده شود. قنسول روس در بغداد نامه ای برای وی فرستاد و ضمن بیان علت ورد نیروهای روس تأكید كرد در صورت قبول شروط خود از خك ایران عقب نشینی خواهند كرد. آخوند در پاسختندی، تأسف خود را از نقص عهد روسیه با ایران و تكیه به روش نظامی به جای روش های دیپلماتیك ابراز كرد و روسیه را تهدید نمود كه چنانكه از شروط خود دست برندارد و خاك ایران را ترك نكند، سرزمین ایران از خون میلیون ها مجاهد رنگین خواهد شد.
آخوند، پس از اشغال شمال و جنوب كشور، با ارسال تلگراف‌هایی به مجلس، مجتهدان، عموم امرا و سرداران، رؤسای عشایر و طبقات مردم، اختلافات و جنگ های خانگی را سبب ضربه زدن به استقلال مملكت و اسلام دانست و مردم را به وحدت و یكپارچگی در مقابل دشمن بیرونی فراخواند و طی اعلامیه مشتركی اتفاق نظر همه مذاهب اسلامی را در صیانت از اسلام و دفع تجاوز دشمنان اسلام اعلام داشت.
همزمان با اشغال شمال ایران توسط قوای روس، اشغالگران ایتالیایی نیز به طرابلس غرب (لیبی) كه از متصرفات عثمانی بود حمله ور شدند و پس از كشتار هزاران نفر از مردم بیگناه آنجا،آن سرزمین را تصرف كردند. آخوند خراسانی همراه با مازندرانی و شریعت اصفهانی، با صدور فتوای جهاد بر ضد اشغالگران ایتالیایی و روس، مسلمانان را به مقابله با آنها فراخواندند.
سرانجام آخوند تصمیم گرفت تا برای بیرون راندن روس‌ها از كشور و نظارت نزدیك به امور دولت و مجلس و جلوگیری از انحرافات پیش آمده به همراه حدود پانزده نفر از مجتهدان و علمای طراز اول نجف و در رأس گروه كثیری از مجاهدان به سوی ایران حركت نماید. اما صبح روز حركت به طور ناگهانی در نجف اشرف درگذشت. مرگ او طبیعی تلقی نشد و گفته شد عوامل روس و انگلیس او را به شهادت رساندند.
ثبت دیدگاه